你應該要知道的食事

全基因體定序(WGS)技術能快速、精準地追蹤造成食源性疾病的食品，使主管單位更能有效控管食源性疾病的影響範圍。

撰文＝黃齡誼

利用犯罪現場留下的DNA來追查犯人早就不是什麼稀奇的事了，但你知道美國食藥署(FDA)也已經在利用DNA提供的線索來追蹤造成食源性疾病的細菌了嗎？FDA所用的技術稱為「全基因體定序(whole genome sequencing, 簡稱WGS)」，是能用來快速找出DNA基本組成（核苷酸）之排序的一種方法。當食源性疾病爆發時，科學家便可利用這個技術來研究細菌（病原體）之基因序列，以追蹤感染途徑。

FDA在2016年年初的「李斯特菌感染事件」中便應用了全基因體定序技術來協助調查；調查始於2016年3月中，在與美國疾病管制與預防中心(Centers for Disease Control and Prevention, CDC)及地方相關部門的合作之下，分別從食品樣本和得病的病人身上採集李斯特菌的DNA，並運用全基因體定序技術進行比對，辨識出CRF冷凍食品公司所生產的冷凍蔬菜可能是感染來源。2016年4月初，CRF冷凍食品公司首度發布召回旗下產品的通知，之後更將回收範圍擴大到旗下42個品牌、數以百計的冷凍蔬果產品。

FDA所屬的食品安全與應用營養中心(Center for Food Safety and Applied Nutrition)微生物組主任Eric Brown博士表示，食源性疾病的病原體有幾百萬種不同的基因組（基因序列），每一種都跟人的指紋一樣，是獨一無二的；而全基因體定序便是用來破解這個基因密碼的方法。Eric Brown解釋，病原體可以非常快速地進化，並會開始出現特殊的基因訊號，能用來辨識其來源的地理位置；藉由比對基因訊息與地理訊息，便可縮小調查範圍，盡快找出受污染的食品來源。

近年，FDA已致力於與全球所有能夠對食源性病原體進行基因定序的實驗室合作，並在2012年建立了合作平台「The GenomeTrakr network」，推動各實驗室將病原體的基因序列及取得病原體的地點上傳至公開的資料庫，以便幫助各地主管單位更迅速地辨識出造成食源性疾病的元凶。目前The GenomeTrakr network及其資料庫仍在快速成長，截至2016年3月底為止，已有超過5萬筆菌株資料。

延伸閱讀
▶將基因定序運用於食品檢驗 快速解密食源性病菌
▶微生物威力大，食品滅菌最重要
▶從美國層出不窮的食品召回 看食安監管盲點

參考資料
▶美國FDA：Whole Genome Sequencing: Cracking the Genetic Code for Foodborne Illness
▶美國FDA：GenomeTrakr Network